Für die Sicherung der Wassertiefen im Hafen sind regelmäßige Baggerungen unverzichtbar. Ein Teil der dabei anfallenden Elbesedimente wird im Gewässer umgelagert;  seit 1994 wird Baggergut stromab des Hafens bei Neßsand in die Elbe umgelagert. Gemäß einer Vereinbarung mit der Behörde für Stadtentwicklung und Umwelt werden Jahresberichte erstellt, die Angaben über Mengen, Schadstoffbelastungen und durchgeführte Untersuchungen enthalten.

Seit August 2005 wird Baggergut aus der Bundeswasserstraße Elbe im hamburgischen Bereich in die Nordsee zwischen Helgoland und Scharhörn bei Tonne E3 verbracht. Dazu besteht ein Einvernehmen mit dem Land Schleswig-Holstein. Auch hierfür werden alle Daten und Untersuchungsergebnisse in einem jährlichen Monitoringbericht der HPA dokumentiert.

Jeweils beide Berichte seit dem Jahr 2005 stehen zum Download bereit:

Jahresbericht 2005 Neßsand (454.98 kB)	Jahresbericht 2005 Tonne E3 (4.36 MB)
Jahresbericht 2006 Neßsand (436.1 kB)	Jahresbericht 2006 Tonne E3 (1.08 MB)
Jahresbericht 2007 Neßsand (1.44 MB)	Jahresbericht 2007 Tonne E3 (2.29 MB)
Jahresbericht 2008 Neßsand (1.16 MB)	Jahresbericht 2008 Tonne E3 (960.99 kB)
Jahresbericht 2009 Neßsand (1.26 MB)	Jahresbericht 2009 Tonne E3 (1.6 MB)
Jahresbericht 2010 Neßsand	Jahresbericht 2010 Tonne E3

Nach wie vor werden die höher mit Schadstoffen belasteten Sedimenten an Land verbracht, dort behandelt und anschließend umweltsicher verwertet oder deponiert. Mit dieser Landentsorgung von Elbesedimenten entlastet die HPA den Fluss und die Nordsee in erheblichem Umfang von Schadstoffen, die sich im gesamten Elbegebiet angesammelt haben. Der Bericht über die Neßsand-Umlagerungen enthält Angaben über die jeweiligen Schadstofffrachten.

Da die Sedimentverbringung zur Tonne E3 sowohl zeitlich als auch mengenmäßig begrenzt ist, arbeitet die HPA mit der Wasser- und Schifffahrtsverwaltung des Bundes (WSV) an einem Sedimentmanagementkonzept für die Tideelbe. Danach sollen zum Beispiel Sedimentkreisläufe durchbrochen werden, die zu den großen Baggergutmengen in Hamburg geführt haben.

Wichtig ist ebenfalls eine Reduzierung der Schadstoffbelastung der Elbe und damit der Sedimente. Dafür wird das „Generationenziel“ internationaler Meeresschutzvereinbarung aktiv unterstützt, um kontinuierlich Einleitungen und Emissionen von Schadstoffen zu unterbinden oder zu verringern. HPA hat Studien beauftragt, in denen die Ursachen der Schadstoffbelastung identifiziert werden.  Diese Studien können unter www.tideelbe.de heruntergeladen werden.