Die tidebeeinflusste Elbe ist ein dynamisches Fließgewässer mit wechselnden Strömungs- und Sedimentationsverhältnissen. Der Hafen dagegen als ein an hoher Nützlichkeit orientiertes System stellt besondere Anforderungen an die Verfügbarkeit, Zuverlässigkeit und Sicherheit des schiffbaren Gewässers.

Ziel der HPA ist es, diese Anforderungen möglichst nachhaltig und verträglich zusammenzuführen. Zu den erforderlichen Maßnahmen gehören Regulierung eines ordnungsgemäßen Wasserabflusses, Stabilisierung des Fahrwassers, Erhaltung der Fahrwassertiefen durch ökonomisch und ökologisch ausgewogenes Sedimentmanagement und Unterhaltungsbaggerei, Sicherung von Ufergrundstücken durch Ufereinfassungen und Strombauwerke, Bau und Betrieb von Schleusen, Sielen und Schöpfwerken.

Weitere wichtige Aufgabenfelder sind der Hochwasserschutz und die Gefahrenabwehr sowie der Gewässerschutz.